故事的背景發(fā)生在20世紀60年代末，中國大陸內蒙古最后一塊靠近邊境的原始草原。這里的蒙古牧民還保留著游牧民族的生態(tài)特點，他們自由而浪漫地在草原上放養(yǎng)著牛、羊，與成群的強悍的草原狼共同維護著草原的生態(tài)平衡。他們憎恨著狼――狼是侵犯他們家園的敵人；他們同時也敬畏著狼――草原狼幫助蒙古牧民獵殺著草原上不能夠過多承載的食草動物：黃羊、兔子和大大小小的草原鼠。草原狼是蒙古民族的原始圖騰。狼的兇悍、殘忍、智慧和團隊精神，狼的軍事才能和組織分工，曾經(jīng)是13世紀蒙古軍隊征戰(zhàn)歐亞大陸的天然教官和進化的發(fā)動機。

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正是蒙古民族的歷史和神秘，草原的廣闊和浪漫，將本書的主人公、一個叫陳陣的北京青年帶進了草原。很快，陳陣發(fā)現(xiàn)草原并不全是浪漫和自由。牧民們?yōu)榱吮Ｗo自己的財產(chǎn)必須和狼進行戰(zhàn)斗。他親眼目睹蒙古的女人和小孩與偷襲羊群的狼――像豹子一樣大的狼――徒手搏斗。也曾誤入狼群、并親眼看見群狼怎樣在頭狼的指揮下，調兵遣將圍獵幾百只黃羊。但是，人卻搶了狼儲存的食物。為了報復人的貪婪，狼利用冬季風雪和夏季蚊災的掩護，發(fā)動了兩次大規(guī)模的偷襲軍馬群的殘酷而壯烈的戰(zhàn)役。于是人又被激怒了。來自于農耕民族的干部不顧蒙古牧民的反對，開始了大規(guī)模的圍獵狼群的戰(zhàn)斗。狼在死亡前的尊嚴和犧牲精神震撼了陳陣。陳陣和他的朋友親自掏了一窩小狼，并且養(yǎng)了其中的一只。他要通過一只小狼的成長，探索狼的習性和狼的哲學。通過一系列的令人陶醉的有趣的故事，陳陣發(fā)現(xiàn)狼是動物中唯一不可馴服的、十分神秘的動物。比如，第一次面對食物或者面對大批食物的時候，會舉行跑圈，類似現(xiàn)代宗教的感恩儀式或者祭祀；比如，狼一旦離開大地就會顫抖無力，又像希臘神話中的安泰。進而，陳陣又發(fā)現(xiàn)蒙古民族不僅將狼作為自己民族的圖騰崇拜的對象，而且，死后又將自己的尸體放到狼出沒的地方，實施“天葬”。蒙古牧民相信狼會將他們的靈魂帶上“騰格里”（蒙語：天）。狼是蒙古人敬畏的敵人，也是他們相伴一生、甚至是來生的朋友。正是蒙古人帶著狼的精神征服了差不多半個地球，開通了東西方商業(yè)貿易與文化的交流。

陳陣和他的來自于北京的青年朋友，因為狼的緣故和牧民融為一片。但是，他們無法阻擋來自于農耕文化和文革時期的錯誤政策對草原生態(tài)的破壞。他們首先用現(xiàn)代武器殺狼，將僅存的狼驅趕到邊境外。進而，大片的開墾草原土地。幾年以后，草原上鼠害橫行，大片的草原沙化。在作品的最后，也就小說的尾聲，來自于蒙古草原的沙塵暴已經(jīng)遮天避日地肆虐北京，浮塵甚至飄過大海，在日本和韓國的天空游蕩……

人類失去的不僅是草原不僅是狼，真正失去的是人與自然和諧共存的價值觀；失去的是中華民族早期的圖騰：自由、獨立、頑強、勇敢的精神、永不屈服、決不投降的性格、意志和尊嚴。這是《狼圖騰》的主題和作家悲愴的呼喚。